肠系膜静脉血栓形成的短期治疗是防止血栓形成范围进一步扩大及血栓清除，长期治疗是防止静脉血栓再发。治疗应根据患者具体情况，不是所有肠系膜静脉血栓形成都需要手术治疗，多数新近发生的症状轻、无腹膜炎体征、无肠坏死及肠穿孔的肠系膜静脉血栓形成病例密切观察，可通过保守治疗缓解症状，若保守治疗过程中病情恶化，出现肠坏死及肠穿孔，则需立即行开腹手术治疗。
一、一般治疗
支持治疗：通过禁食、胃肠减压、补充液体等措施，避免疾病进一步进展，改善患者营养、精神状况。
二、药物治疗
1、抗凝药物：抗凝治疗应作为患者的基础治疗，在诊断早期即开始使用。目前抗凝药物主要有肝素、维生素K拮抗剂和新型口服抗凝药等。肝素具有起效快、半衰期短的特点，可作为初始治疗。华法林起效慢，作用时间长，常在肝素基础上叠加应用。新型口服抗凝药，如利伐沙班，具有剂量固定、无需常规监测凝血谱及与其他药物相互作用少的特点，但费用高昂，且一旦发生药物过量，目前无特异性拮抗剂。
2、溶栓药物：可使用尿激酶溶栓治疗，一般使用7～10天可收到较好疗效。
三、手术治疗
1、血管内介入治疗：血管内介入治疗是通过外周血管放置导管，直接或间接到达肠系膜静脉血栓形成部位进行治疗，针对性强。目前多数学者认为肠系膜静脉血栓形成介入治疗的临床适应症有早期发现明显腹痛、腹胀，无弥漫性腹膜炎征、肠穿孔、肠坏死；相对禁忌症为大量腹腔积液、凝血功能障碍，治疗方法主要包括选择性经SM置管溶栓、经肝或经颈内静脉途径穿刺PV-SMV置管溶栓、经颈内静脉肝内口腔静脉分流术联合置管溶栓等。
2、手术取栓和(或)坏死肠切除术：手术治疗主要标志弥漫性腹膜炎征，影像学怀疑肠坏死、肠穿孔，不稳定血流动力学，严重胃肠道出血，肠管狭窄。开腹手术治疗包括静脉血栓清除术和(或)坏死肠切除，目前不主张开腹行静脉血栓清除术，因术后易血栓复发，除非血栓形成72小时内且血栓位于肠系膜静脉近端，且大多数肠系膜静脉血栓形成患者有广泛血栓形成，并向其远端蔓延，无法手术取尽血栓。