支气管结石症患者的治疗包括手术治疗、药物辅助抗感染治疗等，手术治疗主要以清除结石为主，药物治疗以抗感染治疗为主。
一、药物治疗
对于支气管结石引起的咳血及阻塞性肺炎，应酌情给予止血药物及抗感染药物治疗。
二、手术治疗
如结石已引起支气管壁破坏，结石远端的组织有炎症纤维化及支气管扩张等一系列不可逆病变或临床急需手术者，应考虑手术切除治疗。手术的适应证，合并气管、支气管食管瘘；持久或反复大咳血；继发肺化症；不能除外肺癌。常用术式为肺段或肺叶切除术，也有行支气管切开取石术的报道，原则上应尽量保留正常肺组织。
三、其他治疗
纤维支气管镜取石术：纤维支气管镜能确定结石的部位、数量及存在形式，对较小、易钳、易松动、段以上支气管内的结石钳除率高。即使钳夹失败的病例，经分离结石后，也较易咳出而避兔手术切除，最大限度地保护了肺功能。对于结石过大者，可用激光碎石，然后将结石取出。但对肺门部嵌顿于气管壁内的结石，取石时须观察有无搏动，不宜硬取，否则可引起大出血及支气管瘘。