扁桃体肥大能否自愈即萎缩，完全取决于扁桃体是否仍然经常发炎，如果经常发炎时，炎症会刺激扁桃体导致增生、肥大，就不会自愈。
如果身体抵抗力较强，扁桃体不容易受到炎症的侵袭，扁桃体肥大就会随着年龄的增大而逐渐萎缩，因此对于反复炎症即扁桃体发炎，会频繁刺激扁桃体，导致扁桃体肿大，也就是说反复的咽部发炎，会使扁桃体增生肥大，不会萎缩自愈。
对于这种情况，通常需要采取手术切除扁桃体，目前多采用等离子下扁桃体切除术，此手术属于微创，具有出血少、疼痛轻、恢复快的特点。