尿道综合征是以一组症候群命名的，典型症状为尿频、尿急、尿痛。有一部分人群通过检查可以明确病因，但大多数人不能明确。目前临床上可以明确的病因主要分为两方面，一个是患者的泌尿系统的生理结构异常，另一个是更年期内分泌失调。
一、主要病因
1、生理结构异常：由尿道狭窄引起的尿道综合征所引起的尿频、尿急、尿痛占多数。尿道外口解剖异常，如尿道处女膜融合、处女膜伞、小阴唇融合等均有报道，尿道外口至阴道口距离与尿道综合征关系密切，间距越近患病率越高。间距在3mm以下者患病率达72.15%。此外，尿道梗阻、炎症、肉阜、息肉等病理产物也是引起尿道综合征的原因之一。
2、内分泌失调：免疫因素、雌激素水平下降、镁离子缺乏、医源性因素与尿道综合征也有很大关联性，但目前临床上并未有确切证据。
3、排尿功能：尿道综合征的发生与排尿功能息息相关，排尿控制功能发育的不全或者退化会直接或间接导致尿频、尿急、尿痛等排尿综合征症状的出现。
4、尿道梗阻：这个病因多与女性有关，处女膜异常或尿道部位出现问题，如尿道肉阜、尿道黏膜脱垂等，使尿道不通畅，尿道变窄，也可引发尿道综合征。
二、诱发因素
长期应用广谱抗生素、糖尿病、大量应用免疫抑制剂以及接受大量雌激素治疗等，导致机体免疫力低下，内分泌失调。