十二指肠胃反流及胆汁反流性胃炎的治疗十分困难，目前的治疗手段无法完全治愈。临床上十二指肠胃反流及胆汁反流性胃炎的治疗包括络合胆酸、胃动力剂、胃黏膜保护剂、心理治疗、外科手术等。
一、一般治疗
去除诱因，比如戒烟酒 ，避免暴饮暴食，清淡饮食，合理休息及饮食习惯。
二、药物治疗
1、络合胆酸：络合胆酸是目前较为有效的治疗药物，可供选择的药物有阴离子交换树脂、铝碳酸镁、微晶纤维素，其他可能有作用的还有熊去氧胆酸、胆固酰胺等。
2、促进胃动力药物：胆汁反流性胃炎患者除上腹痛、恶心、呕吐外，还有饭后饱胀、嗳气等症状，胃动力功能检查提示患者存在胃排空延迟、胃电节律紊乱、胃窦运动减弱、胃窦、幽门、十二指肠运动不协调，使用促动力药不但可以改善患者的症状，而且可以纠正胃动力紊乱参数，使胃正向蠕动增加，促进反流至胃的十二指肠内容物清除。常用的药物有多潘立酮、甲氧氯普胺、西沙必利、莫沙必利、依托必利。
3、保护胃黏膜药物：胆汁反流性胃炎患者也存在胃黏膜防御机制障碍，胆酸等损害因素对胃黏膜的破坏是其主要的发病机制，所以胃黏膜保护剂可以治疗胆汁反流性胃炎，目前常用的药物有铝碳酸镁、硫糖铝、枸橼酸铋钾和前列腺素类药物米索前列醇。
4、抑制胃酸分泌药物：胆汁反流性胃炎患者用抑制胃酸分泌的药物也有效，主要是因为酸性环境下胆酸对胃黏膜的损伤作用强，酸和胆汁有叠加作用。可供选择的有H2受体拮抗剂、质子泵抑制剂，常用的药物如西咪替丁、奥美拉唑等。
三、手术治疗
1、Roux-en-Y术：对于手术因素所致的胆汁反流在内科治疗无效时，可考虑Roux-en-Y术。Roux-en-Y胃空肠吻合术时注意输入袢长度为45cm左右，为避免术后发生吻合口溃疡，应同时行迷走神经切断术，此手术的疗效可以达70%。
2、间置空肠术：为在残胃与十二指肠之间顺蠕动间置一段空肠，长度约20cm，能有效阻止十二指肠内容物反流。
四、营养治疗
患者在治疗期间需要禁食，可以通过静脉输入高营养液，以维持每日营养需求，同时可以保护胃肠道功能。