隐球菌感染常累及机体各个系统，最常见的为肺部及中枢神经系统感染。表现为咳嗽、胸痛、乏力、低热、头痛进行性加重、颈项强直等。
1、中枢神经系统隐球菌病：隐球菌感染是中枢神经系统最常见的真菌感染，多见于成年人，起病隐匿，表现为慢性或亚急性起病，起病前有上呼吸道感染病史。97%的隐球菌脑膜炎患者在病程中出现头痛，而通常头痛是最早或唯一的症状，在确诊前就开始出现，可位于前额、双侧颞部、枕后或眼眶后，多为胀痛或钝痛，呈间歇性。以后头痛程度逐渐加重，发作频率增加和持续时间延长。在数周之内，随着颅内压的进一步增加，患者的头痛剧烈，可伴有恶心呕吐、烦躁和性格改变等表现。90%的患者在病程中可出现发热，体温一般在39℃以下，个别患者可出现高热。在病程的中、后期，部分患者可出现视物模糊、畏光、视力下降，甚至完全失明，这可能与隐球菌直接导致视神经受损、视神经炎、视神经萎缩、脉络膜视网膜炎及颅内压升高有关。体检可发现步态蹒跚、颈项强直、布氏征或克氏征等脑膜刺激征。
2、肺隐球菌病：隐球菌主要通过肺进入人体，但是肺隐球菌病所占比例不到15%，远比中枢神经系统隐球菌病少见。肺部隐球菌感染的早期，多数患者无症状，少数患者可出现低热、轻咳，咳黏液痰，偶有胸膜炎症状，痰培养可发现隐球菌。隐球菌感染在艾滋患者中经常广泛播散。
3、其他部位感染：隐球菌发生血行播散时，大约有5%患者出现皮肤病变，可表现为痤疮样皮疹，皮疹出现破溃时可形成溃疡或瘘管。骨、关节隐球菌病大约占隐球菌病的10%，好发于颅骨及脊柱，表现为连续数月的骨骼、关节肿胀和疼痛。X线片常无特殊表现。