病毒性结膜炎的症状包括疼痛，伴有眼红、畏光、水样分泌物，疾病早期常一眼先发作，数天后对侧眼受累。急性期出现眼睑水肿，以及结膜充血、水肿，而且睑结膜出现滤泡。此外还常见结膜下出血，颜色呈鲜红色，量多时呈暗红色，假膜有时会形成真膜，可以导致睑球粘连。
发病数天后，角膜可以出现弥散的斑点状上皮损害。病毒性结膜炎的患者少数人会合并葡萄膜炎发生，部分患者还有发热、不适及肌肉酸痛等症状，患者常会出现耳前淋巴结肿大和压痛。