肛乳头炎多因局部刺激或肛窦炎引起，局部刺激如经常吃辣导致局部充血，抵抗力下降引起肛乳头炎；肛窦炎引起肛乳头炎与肛窦引流不畅有关。本病各年龄阶段均可发病，尤其是免疫功能低下的人群。
1、局部刺激：如经常吃辣椒、饮酒等刺激性饮食会导致肛管直肠局部充血、抵抗力下降而诱发感染。另外，干硬的粪块擦伤肛管皮肤黏膜引起感染发生。
2、肛窦炎：肛窦口开口向上，易积存粪便，引起肛窦炎，以致肛括约肌痉挛，使肛窦引流不畅，导致肛乳头炎发生。