新生儿便秘需要根据具体病因给予对症治疗：1、一般是由于消化不良、饮食因素、发育异常以及遗传代谢疾病导致，新生儿胃肠功能发育还不完善，很容易出现消化不良，比如便秘、腹泻等胃肠道症状，给予助消化治疗，比如益生菌等药物可以改善症状。2、饮食因素，如奶粉喂养的孩子容易出现便秘，这时可以更换奶粉以及服用肠道益生菌或者通便的药物来改善。3、发育异常，如果孩子长期便秘需要排除胃肠发育畸形，比如巨结肠、肠道狭窄，需要根据病情给予康复治疗或者手术治疗。4、遗传代谢性疾病可以导致便秘，比如甲状腺功能减退，还会伴有吃奶差、哭声弱、对外界反应差，患儿有呆小症的特殊面容，需要纠正甲状腺功能，给予药物治疗比如甲状腺素片。