咖啡长期大量摄入会影响骨质，可能会导致骨质疏松。因为咖啡中含有咖啡因等物质，可以影响钙的沉积和吸收，影响骨骼钙质沉积。此外，还会引起破骨细胞的增生，促进破骨细胞的作用，导致破骨作用增强，成骨细胞活性会被抑制，成骨作用减弱，骨骼内钙离子大量流失。
同时，还有利尿功能，可以加速钙的代谢。总得来讲会导致体内钙的大量丢失，引起骨质疏松的情况。此外，咖啡因可以导致大脑兴奋，影响睡眠质量，影响免疫力，所以会导致身体免疫力下降，不利于身体恢复，也不利于钙的沉积，所以一般不建议长期大量的喝咖啡，咖啡也避免在晚上喝，防止睡眠不足影响骨的生长。