如果在孕早期发现甲减，一定要尽早地给予补充甲状腺激素的药物治疗。常规是给予LT4的治疗，补充的目标是将TSH控制在2.5mU/l以内。
因为在孕早期是胎儿神经系统发育的关键时期，而T3对于神经系统的发育非常重要，可以影响到神经细胞的分化、增殖、移行，还有神经树突和突触、神经鞘膜等发育和生长。
脑的发育依赖于碘的充足供应和正常的T3浓度，严重缺乏甲状腺激素的胎儿或者婴幼儿可以发生呆小症，呆小症的患者除了发生躯体的畸形以外，还会发生智力的低下。