治疗反流性食管炎效果最好的药物是抑制胃酸分泌的药物，包括质子泵抑制剂和H2受体拮抗剂。质子泵抑制剂包括奥美拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑、艾司奥美拉唑、艾普拉唑等，常规剂量是一天2次，餐前口服。H2受体拮抗剂包括雷尼替丁、法莫替丁、尼扎替丁等，也是一天2次，餐前口服。另外，治疗反流性食管炎的药物还包括促进胃动力药物，比如莫沙必利、吗丁啉以及伊托必利等。必要时可以加用黏膜保护剂，如达喜、硫糖铝等，对反流性食管炎均有治疗作用。