肛瘘手术过程的长短，主要看肛瘘本身的复杂程度，还有医生的手术水平。肛瘘分为低位肛瘘和高位肛瘘，单纯性肛瘘和复杂性肛瘘。低位单纯性肛瘘大部分局麻手术就可以完成，手术时间在10-20分钟之间。高位肛瘘则需要较长的手术时间，特别是复杂性肛瘘，大部分需要椎管内麻醉，手术时间大部分要30分钟以上，也有需要几个小时的。