内分泌闭经的原因很多，可能牵涉到下丘脑、垂体、卵巢，还有甲状腺。首先要确定病因，根据病因进行治疗，比如说神经精神应激起因的患者要进行精神心理辅导，如果低体重、节制饮食，导致闭经，要调整饮食、加强营养，必要时要看精神科。运动性闭经，要减少运动量及训练强度。对于一些颅咽管肿瘤或者不分泌泌乳素的垂体肿瘤，还有卵巢肿瘤，应该手术去除肿瘤。
此外，可以考虑内分泌药物治疗，也需要针对病因。比如像肾上腺皮质增生的病人，要用糖皮质激素长期治疗，对于有多囊卵巢的患者，需要针对多囊卵巢治疗，比如说饮食运动治疗，降雄激素治疗。那么，高泌乳素血症可以考虑用溴隐亭治疗，甲减可以考虑补充甲状腺素。对一些体内卵巢功能减退导致闭经的患者，可以考虑雌孕激素周期性治疗或者孕激素周期性治疗。