肾结石的手术方式主要有两种，一种是经尿道输尿管软镜碎石取石术；另一种是经皮肾镜碎石取石术。如果适应症选的好，术者操作熟练，这两种手术方式都是比较安全的。
通常结石如果小于2cm，可以选用输尿管软镜碎石，因为输尿管软镜是经尿道、输尿管自然腔道来进行手术，身体不会打孔，出血以及尿外渗的风险相对较低，但是输尿管镜口径比较细，因此碎石速度比较慢，只适合于相对较小的结石。如果结石比较大，通常可以考虑经皮肾镜碎石取石术，虽然身体和肾脏要打孔，但是由于处理结石比较及时、有效以及碎石速度快，因此适合用于大结石。具体选用哪种最安全主要还是根据结石的情况，和患者的体质来进行选择，不能一概而论。