婴儿尿道下裂在手术过程中是不痛苦的，因为会有麻醉；但手术结束麻醉退却后，会有一定的疼痛感，不过这种疼痛感是在人体承受范围内的，且疼痛感会随着伤口恢复逐渐消失。婴儿尿道下裂通过手术治疗后能够矫正畸形，从而恢复阴茎的正常功能运行及外观。手术结束后如果出现感染的情况，是需要在医生指导下使用抗生素做进一步处理的。