眼球后退综合征的治疗方法有药物治疗、手术治疗，患者应严格遵医嘱进行，以免出现其他不良反应。
1、药物治疗：常见药物为阿托品，属阻断M胆碱受体的抗胆碱药，可阻断乙酰胆碱，使瞳孔括约肌和睫状肌麻痹而引起散瞳及调节麻痹。能使假性近视消失和半真性近视减轻，可行长期阿托品滴眼治疗。
2、手术治疗：内、外直肌后徙术：手术指征包括原在位明显的斜视，异常头位，显著的上射或下射或是外观不能接受的眼球后退。手术根据患者内斜视或外斜视行内直肌或外直接减弱术，能有效改善患者代偿头位、眼球后退、睑裂改变、眼球内转时急速上转或下转症状。根据患者发病情况可做单侧或双侧内、外直肌后徙术。