1、体格检查：通过该检查项目，可以确定患者颈部是否存在肿块、疼痛、瘘口以及分泌物等症状，对疾病的初步诊断起到重要的作用。
2、喉镜检查：第三鳃裂瘘管和第四鳃裂瘘管的内口位于梨状窝处，在喉镜下颈部加压有时可以发现分泌物从内瘘口溢出。
3、超声波检查：主要是通过B超检查检查可以确定囊肿的大小、位置等情况，以及周围其他组织是否存在异常，有助于囊肿的鉴别。
4、影像学检查：X线碘油造影可以显示囊肿和瘘管的部位和走向，CT扫描可以确定病变的位置和范围。有瘘口者可通过注入显影剂再行磁共振检查，了解其位置、走向及内口是否存在。