绝大多数人对于麻药是耐受的，而且应用以后肾穿刺不会感觉疼痛，但是某些疼痛阈值比较异常的人即使应用了麻醉药以后也会感到疼痛，但是这种疼痛会很轻。极少数人疼痛比较敏感，在穿刺完以后疼痛会持续很长时间，但是绝大多数人持续不超过两个小时。肾穿刺后肾脏包膜的出血引起的疼痛是胀疼，这种胀疼可能持续很长时间，这是由于肾脏出血而造成的，需要血肿消失以后才能逐渐缓解消失。
肾穿刺在肾脏内科来说是一个有创操作，它可以有一定的并发症，这种并发症有肾穿刺过程中的并发症和肾穿刺后的并发症。肾穿刺过程中的并发症最主要的就是疼痛，这种疼痛是不可避免的，但是做肾穿刺以前需要应用麻醉药来提前止疼，当然麻醉药用量是有限度的，不能无限制地用。因为肾脏本身不能代谢药物，应用过多的话容易造成很大的副作用，所以用量不要多。