对于克罗恩病的治疗与溃疡性结肠炎的治疗有相似之处，主要是采取升阶梯的方法来进行药物治疗。在克罗恩病的活动期，若病变仅局限在结肠的轻度患者首先会应用5-ASA制剂，比如美沙拉嗪口服或配合美沙拉嗪灌肠。若效果不佳，则升级为糖皮质激素，首先应用糖皮质激素局部观察，若效果不佳，则改为全身用药。其次，主要应用免疫抑制剂比如硫唑嘌呤等，如果效果不佳，则要应用生物制剂。