流感嗜血杆菌感染需要鉴别的疾病有肺炎克雷伯杆菌肺炎、大肠埃希菌肺炎等。
1、肺炎克雷伯杆菌肺炎：起病急，症状有寒战、高热;全身衰竭明显；痰量多，痰液黏稠，呈砖红色胶冻状痰(果酱状)。胸部X线检查示肺叶或肺段实变，可出现多个小空洞，呈蜂窝状脓肿，并迅速融合为大空洞，见叶间隙下坠。根据临床表现、影像学和病原学检查可鉴别。
2、大肠埃希菌肺炎：患者一般有基础慢性病，有发热、脓痰及呼吸困难的表现，胸部X线检查示支气管肺炎和脓胸。根据临床表现、影像学和病原学检查可鉴别。