滤泡性结膜炎是由于微生物蛋白质过敏引起的迟发性免疫反应，有自限性，可以考虑观察，目前一般使用糖皮质激素滴眼液治疗，一般治疗10天左右。激素药物治疗注意测量眼压，避免激素性眼压高。营养治疗可以考虑高蛋白饮食，加强体育运动，增强体质。
一、药物治疗
1、糖皮质激素滴眼液：泼尼松龙滴眼液、氟米龙滴眼液，其具有抗炎抗过敏作用，一般使用中效或者短效糖皮质激素滴眼液，根据病情决定滴眼次数，使用7天以上需要测量眼压，排除激素引起的眼压高青光眼、白内障等。
2、抗菌药滴眼液：同时给予利福平滴眼液等抗菌药滴眼液进行局部治疗。
3、维生素、钙剂：全身可给予维生素A、B族维生素及钙剂治疗。
二、手术治疗
滤泡性结膜炎的患者无需手术治疗。