CT检查并不能诊断出所有的肝病，CT主要是通过肝脏形态学的改变，或者肝脏内出现异常的回声结构判断疾病。
有些疾病只是出现肝脏功能的异常，形态学上没有出现改变，如乙型肝炎、甲肝、戊肝、EB病毒型肝炎、药物性肝炎等。当肝炎程度很轻时，CT可能都不能发现有肝炎的存在。
如果肝炎程度很重，CT会提示回声增粗，但是它不能判断引起回声改变的原因。但是如果是肝癌或者是胆道梗阻、肝硬化，CT上可以发现问题。对于自身免疫性肝炎、先天性遗传代谢性疾病，如肝豆状核变性等，也不能靠CT诊断。