肠结核和克罗恩病的鉴别，主要从以下几个方面进行，第一，从临床表现上，克罗恩病经常有肠外表现，比如口腔溃疡，强制性脊柱炎等，而肠结核则很少有以上表现，第二是从病史上，肠结核患者经常有其他部位的结核病史，比如说肺结核，第三个是实验室检查，肠结核患者的结核菌素实验经常呈现阳性，第四肠镜检查，克罗恩病呈现阶段性分布，可以见到纵行溃疡，第五是从病理上克罗恩病病理活检提示非干酪样坏死性肉芽肿，而肠结核病理提示干酪样坏死性肉芽肿。