抗结核药物是治疗肠结核的特效药，在这之前，肠结核患者预后比较差，死亡率比较高。抗结核药在临床广泛应用以后，使得肠结核的预后大大改善，特别是对粘膜结核，包括肠结核在内的疗效比较好。抗结核药物的运用一定要有剂量充足和足够的疗程。肠结核的预后取决于，早期诊断和及时治疗对于肠结核的预后有关键作用，在病变的早期渗出阶段，经过治疗可以完全痊愈，预后比较好。