肠结核通常采用非手术治疗，包括注意休息和加强营养，在这个基础上进行抗结核治疗，抗结核治疗要求早期，规律，全程，适量，联合使用抗结核药物。抗结核药物比如异烟肼，利福平，吡嗪酰胺，乙胺丁醇，链霉素等，同时需要注意腹泻严重者应该保持水，电解质与酸碱的平衡。对于完全性肠梗阻，急性肠穿孔，肠瘘，或者肠道大出血，不能有效止血的患者，需要进行手术治疗。