肠系膜静脉血栓通常占全部肠系膜血管缺血性疾病的5%到15%，累及肠系膜上静脉，而肠系膜下静脉很少受累。可以分为原发性和继发性两种。病因比较明确者为继发性病因不明确者为原发性。目前有75%的肠系膜静脉血栓形成可以得到病因学的诊断。最为常见的原因是遗传性或者获得性疾病所导致的高凝状态，比如说肿瘤，腹腔的炎症，各种手术，肝硬化以及门静脉的高压等。