1、体格检查：通过体格检查可以观察患者腹部情况，查看腹腔内是否有肿块，以及肿块的大小、位置和活动度等情况，通过叩诊还可以判断是否有腹水，触诊可以判断有无腹壁的紧张度，看患者是否有疼痛情况。
2、腹部平片：该检查可以辅助判断有无泌尿系统或肠道疾病，肠系膜囊肿者可见软组织阴影，皮样囊肿及包虫囊肿壁钙化时可显示环形钙化影，皮样囊肿偶可见牙齿、骨骼等结构。
3、钡餐或钡灌肠造影：该检查可以明确肠道具体受压情况，存在肠系膜囊肿者可见肠道受压移位等表现，如肿块邻近肠管狭窄、拉长、肠壁僵硬；钡剂通过困难或缓慢；胃十二指肠及横结肠移动或弧形压迹等。
4、CT检查：可提供最佳的囊肿影像诊断，可提供确定位置，有利于肠系膜囊肿的鉴别诊断。
5、B超检查：腹部B超不仅可以定位，而且可以定性，由于简便、无创，可作随访观察。对假性囊肿可作为采用保守疗法或手术治疗的指导。
6、腹腔镜检查：可直接观察囊肿的部位、大小等，能够确诊肠系膜囊肿。