小儿亚急性心内膜炎首选抗生素为青霉素，其次为链霉素、先锋霉素、万古霉素等。给孩子选择抗生素前，建议给孩子做细菌培养，选择敏感的抗生素进行治疗。给孩子使用抗生素治疗时要注意剂量要大，疗程要足够，一般需要4~6周的时间，尽早的治疗，治疗越早效果越好。根据患儿的临床特点以及感染的途径，可以选择两种不同的抗生素进行联合治疗。