治疗的目的是抢救危重症、缓解症状、恢复功能防止并发症。病因治疗是关键，但是大多需要手术解除压迫、恢复正常组织结构等；如果出现严重呛咳，可以给与半流食及脱水降低颅内压。
一、药物治疗
1、抗感染治疗：中枢神经受损，比如脑炎的患者，应该进行抗感染治疗。并且选用易通过血脑屏障的抗生素治疗，如头孢曲松、阿莫西林。
2、降颅压治疗：颅内肿瘤压迫所致的颅内高压的患者，出现喷射性呕吐等不适，应给与甘露醇降颅压治疗，用药期间注意严密监测患者有无脱水、精神、意识障碍等不适。
3、严重呛咳：对于该患者应进糊状半流食，避免流食呛入气道而引发肺炎。
二、手术治疗
1、延髓血管病变：视情况行显微手术、X刀、伽玛刀等治疗。
2、颅底肿瘤：视情况行手术治疗或立体定向放射治疗。
3、枕大孔区肿瘤：颅外段以手术切除为主，颅内残余者应行立体定向放射治疗。
4、延髓胶质瘤：属于局限外生性者可行显微手术切除，配合立体定向放射治疗和化疗。
5、迷走神经吻合术：在甲状腺手术和颈动脉内膜剥除术中，离断或损坏喉返神经，可行喉返神经-迷走神经颈段端侧吻合术，目前效果较好。
三、其他治疗
1、火器伤：火器性神经损伤多因高速投射物所致，神经损伤范围较广泛，伤口常有严重污染。早期处理原则是：伤口彻底清创术，不缝合神经；对损伤的神经不做切除，也不游离断端，防止污染扩散；神经断端不用丝线作标记，也不缝合在组织上，应该应用正常组织覆盖游离的神经，尽早促使伤口愈合，为二期修复创造条件。
2、颅底骨折：颅底骨折本身无需特殊处理，治疗重点为预防感染，合理使用抗生素。出现脑脊液鼻漏或耳漏者禁忌填塞、擤鼻、减少喷嚏、咳嗽等处理，必须保持外耳道清洁。尽量避免腰椎穿刺，以防逆行性感染。