膝关节结核的治疗需要通过药物与手术相结合，目的是达到控制结核杆菌，改善局部循环，保持关节稳定性，最大限度保留关节活动度。通过早期、联合、适量、规律、全程的药物治疗控制病情，对于出现严重畸形、关节功能障碍者可手术治疗。
一、药物治疗
1、异烟肼：异烟肼对结核分枝杆菌有高度选择性，抗菌作用强，能抑制和杀灭结核分枝杆菌，生物膜穿透性好，易通过血脑屏障。主要用于各型肺结核，是结核病的首选药物。不良反应有胃肠道症状、周围神经炎、肝损害，肝功能不良者忌用。
2、利福平：对结核杆菌在宿主细胞内外均有明显的杀菌作用。不良反应有胃肠道症状、肝损害，肝功能严重不全、胆道阻塞者和3个月以内孕妇禁用。
3、吡嗪酰胺：适用于经一线抗结核药治疗无效的结核病。在pH5～5.5时抗菌活性最强。不良反应有食欲减退、发热、异常乏力或软弱、眼或皮肤黄染。
4、乙胺丁醇：至少与一种二线药物合用。不良反应发生率较多者为视力模糊、眼痛、视力减退、胃肠道不适，食欲减退等。
二、手术治疗
1、膝关节滑膜次全切除术：适于单纯滑膜结核非手术治疗无效者、晚期滑膜结核滑膜肥厚者、15岁以下儿童全关节结核等，滑膜次全切后，髁间窝后关节囊区的滑膜通过刮匙进行最大限度的搔刮，配合术后关节腔药物灌注及关节功能恢复，对于关节功能保护较好。
2、关节融合术：适于膝关节骨或关节病变严重，用其他方法不能止痛和稳定关节者，手术原则是尽量少切除骨质，但又不应遗留病变组织。主要有交叉钢针固定融合、钢板内固定、植骨融合术等。
3、膝关节结核病灶清除术：适于病灶接近关节、易于侵入关节、有死骨及骨脓肿者，单纯骨结核也可使用。清除病灶时避免用力过猛，穿透关节。
三、其他治疗
1、局部制动：通过牵引、石膏制动达到休息和防止畸形的目的，适于早期单纯骨结核和滑膜结核。
2、关节穿刺：在髌上囊内或外侧，髌股关节间隙处穿刺抽取积液注入生理盐水，反复至抽出生理盐水清凉后注入异烟肼、链霉素等抗结核药。