1、按感染病菌分类：
（1）非特异性肛周脓肿：由细菌混合感染引起。
（2）特异性感染：较为少见，以结核性脓肿为主。
2、按脓肿部位分类：
（1）肛提肌下脓肿(低位脓肿)：包括肛周皮下脓肿、坐骨直肠间隙脓肿等。
（2）肛提肌上脓肿(高位脓肿)：包括骨盆直肠间隙脓肿、直肠后间隙脓肿等。
3、按脓肿的最后结局分类：
（1）非瘘管性脓肿：不形成肛瘘的脓肿。
（2）瘘管性脓肿：脓肿破溃或者手术切开引流后形成了肛瘘。