因食物在十二指肠内停留时间短和胃酸的作用，结核杆菌一般不易在十二指肠内生长繁殖。但当患者抵抗力低，同时又接触大量结核杆菌，就可能发生感染。
一、主要病因
90%以上的肠结核主要由人型结核分枝杆菌引起，多因患开放性肺结核或喉结核而吞下含菌痰液，或常与开放性肺结核病人共餐而忽视餐具消毒等而被感染。少数因饮用未经消毒的带菌牛奶或乳制品而发生牛型结核分枝杆菌肠结核。
二、诱发因素
1、长期身体透支严重、营养不良，易造成身体免疫力低下。患者与结核病人亲密接触，致使结核菌长期共存，造成结核病毒机会性感染。
2、自身患有结核性疾病，通过自身体液传播进行感染。并且长期自身免疫力与抵抗力低下，造成结核病菌很容易感染十二指肠部位。