肛瘘主要是由于肛窦腺体发炎，形成肛门直肠周围脓肿，脓肿破溃发展而来，或肛周脓肿术后引流不畅成为外口，脓肿逐渐缩小，形成感染性管道，肛瘘一般有1个内口和1个外口，瘘管行走在肛门内外括约肌附近，常迂曲，引流不畅，而外口皮肤生长较快，从形成假性愈合。脓肿反复发作，复发后又形成破溃，或再次切开引流而形成内口，最后形成复杂性管道，致使管壁纤维组织增生而无法自愈。肛瘘一般为化脓性感染所致，但也有少数为结核性其他特异性感染和克隆克罗恩病，溃疡性结肠炎以及恶性肿瘤都可以导致肛瘘。