肛瘘的手术费用一般与肛瘘的复杂程度和手术医院级别有关系，单纯肛瘘在二级医院手术从入院到出院一般需要4000到5000元之间，而在三级医院费用会更高一些一般在8000左右，如果是高位复杂性肛瘘则费用会高一些，因为高位复杂性肛瘘手术难度较大，伤口较深，恢复较慢，住院时间较长，费用也会相对增加，具体费用需要咨询手术医院。