大脑萎缩和小脑萎缩的主要区别是萎缩的部位不同，造成的临床表现也不一样，引起萎缩的病因也有区别：
1、大脑萎缩最常见于阿尔茨海默病，这是一种神经系统退行性疾病，患者以高级认知功能受损为主要表现，早期是记忆力损害，后期逐渐出现性格和行为改变、精神障碍、癫痫发作等，头颅磁共振、影像学检查可以发现大脑皮层萎缩明显，沟回加深，脑裂增宽特别是外侧裂增宽明显；
2、小脑萎缩多见于多系统萎缩或者脊髓小脑性共济失调等，其临床表现以头晕、共济失调、走路不稳为主，典型的患者会有明显的眼球震颤、吟诗样语言、肌张力减低、阔基底步态等，影像学可以看到小脑体积缩小，有梳子样的齿状痕，从矢状位观察更加明显。