百日咳患者的临床症状为痉挛性咳嗽，咳嗽终末出现深长的鸡鸣样吸气性吼声，咳嗽逐渐加重，呈阵发性，病程长达2～3个月，开始类似一般的伤风咳嗽，10天以后症状明显，咳嗽非常痛苦，不咳则已，一咳则连声不断，重复发作多次，至咳出大量稠痰或呕吐为止。咳嗽有回声重者兼有鼻出血或咯血，咳嗽日久，面孔发肿，重者可出现大小便失禁、反复抽搐、逐渐加重的呼吸困难，甚至窒息而死。
一、典型症状
百日咳患者表现为痉挛性咳嗽，咳嗽终末出现深长的鸡鸣样吸气性吼声。百日咳分三期，具体如下：
1、卡他期：症状类似普通感冒，具有传染性，典型表现为痉咳，一般1～2周，可有流涕、喷嚏、低热。
2、痉咳期 ：一般为2~4周或更久，以阵发性、痉挛性咳嗽为特点。其体温无明显变化，若合并细菌感染则会体温升高。发作时咳嗽成串出现，咳十余声或数十声，直到咳出痰液或吐出胃内容物，紧跟着深长吸气，发出鸡鸣样吸气吼声。夜间迷走神经兴奋，患者夜间咳嗽较白天更为显著，咳嗽剧烈时，可有大小便失禁、双手握拳屈肘、双眼圆睁、面红耳赤、涕泪交流、头向前倾、张口伸舌、唇色发绀等，表情极其痛苦。
3、恢复期：不再出现阵发性痉咳。但若遇到浓烟等刺激，或有呼吸道感染时，可以重复出现阵发性痉咳。若合并反复高热、抽搐，甚至昏迷的患儿可持续数月，部分患儿迁延不愈。
二、其他症状
1、急性发病后还可导致发绀、窒息、惊厥。呼吸动作可停止在呼气期，心率先增快，继而减慢乃至停止，甚至可窒息死亡。
2、重症患儿可出现反复惊厥、抽搐、气胸以及尿失禁。