肝脓肿的治疗周期要根据肝脓肿治疗情况决定，没有固定的时间，通常至少需要2-3周。肝脓肿的治疗包括抗生素抗感染，营养支持和穿刺引流、手术治疗。绝大部分的肝脓肿，经过敏感抗生素的抗感染，当脓肿成熟时予以穿刺引流可以得到比较好的效果，但是抗感染治疗及引流周期比较长，穿刺引流管的拔除，需要连续2到3天只有极少量引出（小于十毫升液体/天）、并且脓腔已基本闭合，通常至少需要2-3周。而对于难治性肝脓肿，其治疗周期可能很长甚至几个月，脓肿也可能反复的出现，甚至有可能会需要行部分肝叶切除。