骨髓移植排异反应常见的为移植物抗宿主病，分为急性移植物抗宿主病和慢性移植物抗宿主病。典型的急性移植物抗宿主病发生在移植后2-4周，主要表现为皮肤红斑和斑丘疹，持续性厌食和腹泻，肝功能异常等。急性移植物抗宿主病的预防更为重要。慢性移植物抗宿主病主要表现为类似于自身免疫病的表现，如系统性硬化病，皮肌炎，面部皮疹，干燥综合征，关节炎，闭塞性细支气管炎，胆管变性和胆汁淤积等。