骨髓移植的风险就是移植后的各种并发症，主要分为移植后早期并发症和移植后晚期并发症。早期并发症有肝静脉闭塞病，出血性膀胱炎，血栓性微血管病，感染，急性移植物抗宿主病等等。晚期并发症有间质性肺炎，甲状腺功能低下，生殖功能减退，白内障，继发肿瘤，慢性移植物抗宿主病等。其中急性移植物抗宿主病发生率比较高，是移植的严重并发症，症状表现为手掌，足底和头颈部的皮疹，肝功能的异常，腹泻，血便，甚至肠梗阻等。