脑干梗塞的主要治疗方法是溶栓及抗凝治疗。治疗关键点是早期及时进行溶栓治疗，若错过溶栓治疗的最佳时期，则以抗凝治疗为主。若大脑梗塞面积较大，应采取一些控制颅内压的措施。
一、一般治疗
1、急性期卧床休息，保持环境安静，防止不良刺激，解除焦虑。
2、密切观察心率、血压、体温等变化，并能及时采取治疗措施。
3、给予患者吸氧，有助于改善脑组织氧气的供应。
4、建立静脉通道，可以保证随时给药。
二、药物治疗
1、溶栓及抗凝治疗：
（1）溶栓药：如尿激酶，可以溶解阻塞血管的血栓使血管再通。
（2）抗凝药：如低分子肝素钙，通过阻止血栓的进一步形成，阻止血管的进一步闭塞。
（3）利尿药及甘露醇：降低颅内压，缓解脑干梗塞时导致的颅内压增高。
2、降脂治疗：常用他汀类和贝特类药物降脂治疗，主要目的为预防脑干梗塞复发。
3、神经保护治疗：钙拮抗剂，抗氧化剂和自由基清除剂，胞磷胆碱，亚低温治疗等。
三、手术治疗
脑干梗塞的手术治疗，主要是急性期采取的血管内介入治疗，血管内机械取栓及开颅减压等补救性治疗。急性期的脑干梗塞可以采取静脉溶栓以及动脉取栓等微创方式进行治疗，但时间节点非常重要，一般在脑干梗塞6小时以内，这样的效果最好，治疗相对确切。如果是慢性的脑干梗塞，根据具体的情况可以进行基底动脉支架植入手术以及颞浅动脉，枕动脉血管吻合手术，但是这种手术也是有一定风险的，效果不好，会起破坏性作用，一定要在手术之前明确相应的检查，才能够更好的进行相应的治疗。