龟头流脓小便刺痛主要考虑是两个疾病，淋病和非淋菌性尿道炎，前者龟头流脓比较浓稠，后者流脓稀薄。需要做淋球菌涂片检查和支原体衣原体检查，淋病口服药效果不太好，最好是去医院打头孢曲松或是大观霉素治疗，一般来说打一针就可以了。非淋菌性尿道炎做检查之后通常会加上药敏试验，按着化验单提示敏感的抗生素吃药就可以了，最常用的是阿奇霉素片，一次吃一克，吃一顿就可以了，这个效果非常好而且服用方法很简单。