系膜增生性肾小球肾炎的病因尚不明确，可能与免疫性因素及非免疫性因素有关，本病好发于青少年男性，上呼吸道感染等因素可以诱发本病。
一、主要病因
1、免疫性因素：免疫性因素包括免疫反应导致免疫复合物及补体对系膜细胞的直接作用，炎症反应引发淋巴细胞激活、细胞因子异常分泌所致系膜细胞及细胞因子相互作用。
2、非免疫性因素：如高血压、高灌注状态及血小板功能异常，也可导致系膜的病理改变。
二、诱发因素
上呼吸道感染：约50%系膜增生性肾小球肾炎患者有前驱感染，可于上呼吸道感染后急性起病，从而诱导本病的发生。