如果小肠肿瘤发生在十二指肠或者回肠末端，可以通过内镜检查发现。发生在空肠和近端回肠的小肠肿瘤比较难以被诊断，对这个部位的小肠肿瘤，可以采用小肠镜检查。
CT检查在诊断一部分小肠肿瘤中具有一定的价值，尤其对于小肠肿瘤发生了小肠腔外的浸润，或肝转移的时候，特异性会更强。当小肠肿瘤伴有肠梗阻现象的时候，腹部立位平片的检查对于发现肠腔的扩张和液平面的出现有一定意义。