流感病毒的潜伏期绝大多数是1-3天，最短的可能数小时，最长的也可以达到七天。流感的潜伏期长短，与感染方式、感染病毒的亚型和机体的免疫力有一定关系。潜伏期的长短决定了发病时间的长短，例如感染的方式决定了感染病毒的数量。
如果是近距离的飞沫接触，则传染性最强，感染病毒的数量也最多，潜伏期就短。如果是间接接触物品而传染，感染病毒的数量会少，潜伏期会长。另外，感染病毒的亚型不同，对潜伏期也有一定差别，不同亚型决定的是病毒的毒力和侵袭力，如果某些病毒，例如H1N1病毒的毒力和侵袭力较强，潜伏期就短。机体的免疫力也与潜伏期的长短相关。如果机体免疫力较强，一般潜伏期较长。如果免疫力较差，例如老年或者是儿童，则潜伏期较短。