扁桃体和其他淋巴组织具有相同的反应能力，可产生淋巴细胞，并使整个机体产生免疫。扁桃体和内分泌有一定关系，扁桃体发炎肿大可对甲状腺产生毒性反应，引起甲状腺肿大和功能亢进。扁桃体的神经末梢可诱发种种反射，影响心血管、神经系统或其他脏器，严重的扁桃体炎可出现消化系统、神经系统的功能紊乱，并偶可见神经症状。摘除扁桃体后，症状就会消失。