生殖器疱疹病毒很难根治，到目前为止还没有根治的好办法。生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染所引起的，以单纯疱疹病毒2型为主。疱疹病毒的特点就是初次感染的时候，可引起皮肤上出现水疱，但是病毒同时还可以沿着神经纤维，进入局部的感觉神经节当中潜伏起来，逃避机体免疫系统的监视，所以人体可能针对疱疹病毒产生一定免疫力，比如抗体等等，但是无法清除潜伏在神经细胞内部的疱疹病毒。所以当机体免疫力下降的时候，疱疹病毒还可以重新活化，再次复制引起疱疹复发。
一般在疱疹发作的时候，使用抗病毒药物治疗还是有效的，但是药物同样也不能清除潜伏在神经节内的疱疹病毒。所以到目前为止，疱疹的治疗还是以对症抗病毒治疗为主，没法做到根治。平时加强锻炼，提高机体的免疫力，能够减少疱疹复发的频率，但是也不能根治。