一般临床上根治十二指肠溃疡的方法只有一个就是手术治疗，通过手术切除十二指肠病灶就可以彻底根治。但是手术治疗的方式并不是完全适用于所有十二指肠溃疡，十二指肠溃疡出现大出血，药物治疗或者是胃镜和介入治疗无效时，才可以采取手术治疗。
另外在临床上最常用方式就是内科药物治疗，药物治疗有个弊端是很难根治，十二指肠溃疡一旦确诊就表明溃疡部位比较深、症状比较重，想通过药物治疗完全根治在临床上是比较困难的。