先天性肛门闭锁手术的费用需要看位置的高低。如果是高位的手术费用可能在3万元左右，如果是中低位的，那费用应该在1万多。在手术前，应该明确是否有瘘管的存在，可以经过瘘管做个造影，了解一下直肠末端距离肛门的距离来判断位置的高低。如果瘘管比较小的出现排便困难，应该先做结肠的造瘘，二期再行肛门成形术。具体情况还是应该去医院面诊检查，明确疾病相关的问题，采取针对性的治疗。