急性感染性心内膜炎起病急骤，病情进展迅速。原则为尽早诊断、足量长疗程抗生素治疗，防治瓣膜破坏、感染扩散及动脉栓塞，病原体不明时，选用诊断金黄色葡萄球菌、链球菌的广谱抗生素，分裂出病原体后，针对药敏试验原则用药。
一、急症治疗
1、当出现心力衰竭，患者出现呼吸困难、肺水肿、胸腔积液等表现时，可应用的药物有去乙酰毛花苷、呋塞米、米力农、硝普钠、多巴胺等药物。
2、当出现心肌梗死、动脉栓塞时，可应用低分子肝素、阿司匹林、硝酸甘油等药物。
3、当出现心肌穿孔、化脓性心包炎，可行心包穿刺引流治疗。
4、当出现弥漫性肾小球肾炎，可应用呋塞米、地塞米松、细胞毒药物、免疫球蛋白等药物治疗。
二、药物治疗
1、经验治疗：在病原体尚未培养出时，急性者采取萘夫西林、氨苄西林或者庆大霉素静脉治疗。对不耐受β内酰胺酶者，可选用万古霉素治疗。
2、已知致病微生物时的治疗：
（1）对青霉素敏感者，首选青霉素治疗。对青霉素过敏者，可选用头孢曲松或者万古霉素治疗。
（2）对青霉素耐药的链球菌，可应用青霉素和庆大霉素治疗，或者万古霉素治疗。
（3）肠球菌心内膜炎，可用青霉素加庆大霉素治疗，或者氨苄西林治疗，或者万古霉素治疗。
（4）金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌感染的心内膜炎，可用萘夫西林或苯唑西林治疗。如无效，可考虑万古霉素治疗。
（5）金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌(甲氧西林耐药)，多选万古霉素治疗。
（6）真菌感染，可用两性霉素B，用足疗程后，口服氟胞嘧啶数月。
三、手术治疗
有严重心脏并发症或抗生素治疗无效的患者，应及时考虑手术治疗。临床常用活动性自体瓣膜感染性心内膜炎手术，其主要适应症包括心脏瓣膜严重关闭不全，引起心力衰竭；尽管大剂量抗生素治疗，仍有持续性败血症者；反复发生栓塞。如果二尖瓣赘生物＞10mm，或抗生素治疗下赘生物体积增大或者赘生物位于二尖瓣口边缘时，应尽早考虑手术治疗。三尖瓣赘生物＞20mm的复发的肺动脉栓塞，必须手术治疗。